Причинами аллотропии являются:
1. Различный количественный состав молекул (разное число атомов химического элемента), например, кислород О2, озон О3, атомарный кислород О.
2. Отличающее строение кристаллической решетки, например, алмаз и графит, белый и красный фосфор, сера ромбическая и пластическая.